Η Σκόπελος στους αρχαίους χρόνους ονομαζόταν Πεπάρηθος. Οι πρώτοι της κάτοικοι ήταν Κρήτες από την Κνωσό. Κατά τη μυθολογία, αρχηγός των Κρητών ήταν ο Στάφυλος, γιος του Διόνυσου και της Αριάδνης.
Το νησί ήταν αποικία των Αθηνών και συμμετείχε στους Ελληνικούς Αθλητικούς αγώνες. Μάλιστα ο Αγνώντας, ένας Αθλητής της Πεπαρήθου, το 569 π.Χ είχε κερδίσει στους αγώνες δρόμου και προς τιμήν του, ο σημερινός κόλπος του Αγνώντα πήρε το όνομα του.
Παραλία Αγνώντα
Από τους πρώτους κατοίκους του νησιού ήταν και ο Διοκλής ο Πεπαρήθιος, αρχαίος Έλληνας ιστορικός και ήταν ο πρώτος που ασχολήθηκε με την ιστορία της αρχαίας Ρώμης στο ιστορικό σύγγραμμα του που έφερε τον τίτλο “Ρώμης κτίσις“.
Η σύνδεση της με την Αρχαία Αθήνα τόσο οικονομικά όσο και πολιτικά, είχαν ως αποτέλεσμα την οικονομική άνθηση του νησιού, που οδήγησε στην κοπή νομίσματος και στην ανέγερση μνημείων, ναών και οχυρωματικών τειχών που προστάτευαν τους κατοίκους της από τις πειρατικές επιδρομές.
Οι κάτοικοι όμως του νησιού, λόγω του κομβικού σημείου που βρισκόταν το νησί, ανάπτυξαν τη ναυσιπλοΐα σε τέτοιο βαθμό, που μέχρι τα βυζαντινά χρόνια διέθετε ένα από τα πιο σημαντικά λιμάνια του βόρειου Αιγαίου. Επίσης η αμπελοκαλλιέργεια στο νησί έχει μια παράδοση 4.000 χρόνων, ενώ ο Πεπαρήθιος οίνος ήταν το περίφημο κρασί της Σκοπέλου.
Η Πεπάρηθος είχε επίσης σημαντικές αρχαίες πόλεις όπως η Κνωσσός, ο Πάνορμος και η Σελινούς. Σήμερα, ένα μεγάλο τμήμα του κάστρου στον Πάνορμο σώζεται, ενώ η Κνωσσός μετονομάστηκε σε Γλώσσα.
Στους βυζαντινούς χρόνους χρησιμοποιήθηκε ως τόπος εξορίας. Στα χρόνια της φραγκοκρατίας ήταν τμήμα του δουκάτου της Νάξου, αργότερα όμως την κατέλαβε ο Λικάριος, που υπηρετούσε τον βυζαντινό αυτοκράτορα Μιχαήλ Η΄ Παλαιολόγο. Το 1453 πέρασε στην κυριαρχία των Βενετσιάνων.
Το 1538 ο Τούρκος ναύαρχος Χαϊρεδιν Μπαρμπαρόσα κατέλαβε το νησί και έσφαξε τους κατοίκους του. Ξένοι περιηγητές, που επισκέφτηκαν το νησί κατά το 16ο αι. αφηγούνται πως ήταν ακατοίκητο. Αργότερα αποικίστηκε και πάλι αλλά γνώρισε πολλές επιδρομές πειρατών.
Η Σκόπελος συμμετείχε στις προεπαναστατικές διαδικασίες και στην Επανάσταση του 1821 και αποτέλεσε το λημέρι των αγωνιστών Νικοτσάρα και Γιάννη Σταθά. Το 1830 με τη συνθήκη του Λονδίνου ενσωματώθηκε επίσημα στο νεοσύστατο Ελληνικό κράτος μαζί με τις υπόλοιπες Σποράδες,.
